于是，接下来的会议进程，便进入了下一个阶段，也就是崇祯皇帝插手行霸之后被报复围攻，出示锦衣卫腰牌也无济于事的这个要案。
这件事情，崇祯皇帝就没想过要按正常流程来走，而是快刀斩乱麻，直接宣布了人证物证，而后下旨，谋逆主犯，即陈东海等几个主事人以及他们背后的苏州府知府，同知等一众官吏诛九族，从犯，也就是那三千多暴民全部流放三千里，统统发配去草原，丢给洪承畴手下那边充实汉人数目。
这其中，值得一提的是，苏州知府其实没有书信这个物证，但从口供上可以确定他是后台之一。再者说了，苏州出现这样的事情，这知府也逃不了干系。因此崇祯皇帝毫不手软，并没有法外开恩。
随着皇帝旨意下去，锦衣卫校尉和东厂番役才不管其他人怎么看，他们就听皇帝一个人的，立刻执行，押上人犯，就在台侧不远，众目睽睽之下，杀了个人头滚滚。
不得不说，这个场面还是很震撼的。大明开国以来将近三百年，谋逆诛九族的场面，真算是不多见的。这一刻，皇权的威严，用一颗颗的人头，再次深深地刻到了这些文官武将、平头百姓的骨子里。特别是年纪大一点的，以前参与过苏州民变的那些人，更是感到深深地后怕。
这个事情，要是换成以前的话，不少台上的官员估计要出列反对。那些百姓如何他们管不着，知府这样的大员，说杀就杀，还是诛九族，兔死狐悲之下，肯定是要尽量拦住的。因为他们可以肯定，知府要是知道宅子里面有皇帝在的话，借他一万个胆，也不敢这么干的。
可这次的事情，如果不是锦衣卫骑军快马赶到的话，皇帝就差点死在这民宅内。据说当时非常的惊险，暴民都砸破了宅门，都冲进去了。发生这样的事情，皇帝还会和你讲理？还会有耐心和你细细地讨论下知府到底有没有那个谋逆的心？信不信暴怒中的皇帝，直接把你划归同党一列？
审时度势、明哲保身也是官场一道，因此，在场的官员，一个个乖得跟泥菩萨一般，没有一个人敢有意见。
挟此威势，崇祯皇帝在行刑结束之后，又宣布了几个举措。
其一，以前官府不下乡，乡约自治，弊端太多，不但有土豪劣绅欺压乡里，甚至目无官府，竟敢颠倒黑白，指鹿为马，此事决不能再有。因此崇祯皇帝下旨，一千户以上市镇设乡长，由官府任命，八品，且异地为官。相当于是在县令下面再设一方主官。一千户以下则还是不变，依旧是约长。不管是乡长还是约长，都循乡约