alex经历了一个残酷的童年，所以，他不信任任何人，没有朋友，也不在乎别人怎么看待自己。他被gentec聘用，成为一名研发人员。但由于个人的性格原因，他本身已经是一名具有反社会潜质的边缘人士。
而gentec虽然是黑色守望的下属研究机构，但实验已经渐渐失控，黑色守望开始清除gentec的工作人员，陆续灭口。不出意外的话，alex也将难逃死在暗巷中的命运。
为了自保，alex逃了出去，并带了一支黑光病毒样本作为筹码。但在火车站，alex被黑色守望包围，走投无路的他以一种报复社会的心态打碎了病毒，感染了车站的所有人。
病毒进入了他的身体，被装进裹尸袋运回gentec，但此时，病毒也在改造着他全身的细胞。
也就是说，alex一直在找寻那个释放病毒并让自己变异的人，但那个人正是他自己。
而且，严格来说，alex此时早就已经不是之前的那个alex，甚至不算一个人类。
现在的alex是黑光病毒原型体，也就是游戏的名字：prototype。而玩家所操控的主角，是以alex的外观和部分记忆作为预设值的生命体，是继伊丽莎白之后的又一个拥有自主意识的黑光病毒。
在获知这个真相之后，绝大多数玩家和alex自己一样，是完全懵逼的。因为alex奔波忙碌到现在，就是为了阻止黑光病毒，而在内心深处，他其实一直把自己当成人类看待。
也就是说，一切罪孽的源头，似乎都来源于自己，也就是之前的那个人类alex。